La clasificación de las piezas de un museo permite su documentación y su manejo, al igual que su conservación. Los sistemas de clasificación para las colecciones se remontan al siglo XVI y han evolucionado puesto que  la manera como se organiza una colección es testimonial de la relación del ser humano con el mundo exterior.

Hoy en día los museos manejan distintos sistemas que clasifican las piezas por medio de jerarquías. En el Museo Nacional de Colombia existen cuatro tipos de colección que se agrupan de acuerdo con el sentido que adquieren los objetos dentro de la Institución: Arqueología, Arte, Historia y Etnografía.

Las colecciones de arqueología prehispánica y de etnografía indígena y afrocolombiana del siglo XX son conservadas, investigadas y divulgadas por el Departamento de Curaduría de Arqueología y Etnografía, a cargo de la División de Patrimonio del Instituto Colombiano de Antropología e Historia -Icanh-.

Las colecciones de historia de los siglos XVI al XX y de los diversos períodos del arte colombiano, con su sección de arte internacional, están a cargo del Departamento de Curaduría de Arte e Historia.

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